Приказом Государственного комитета РФ по высшему образованию № 524 от 26 мая 1994 г.  Тюменский индустриальный институт переименован в Тюменский государственный нефтегазовый университет. И это была не просто смена вывески – это был смелый, решительный, дерзкий шаг вперед, к дальнейшему развитию, к новым горизонтам.

На этом этапе вуз имел 9 факультетов, 49 кафедр, 8 центров, 3 общетехнических факультета и один УКП на Севере. Подготовка специалистов осуществлялась по 34 специальностям.

С образованием университета расширяется его география. Открываются новые филиалы на севере и юге региона, в странах СНГ, столичных городах. Укрепляется сотрудничество с начальными и средними специальными профессиональными учебными заведениями. При ТИИ уже создан технический лицей, в течение десяти лет в структуре вуза появляются машиностроительный техникум и еще 5 профессиональных технических учебных заведений. Создается крупный университетский комплекс, в котором обучается 40 тысяч студентов более чем по 100 специальностям и направлениям.

Ректор Н. Н. Карнаухов инициировал развитие непрерывного многоуровневого образования. С 1993 г. в университете началась подготовка бакалавров, несколько позже — магистров. Расширился прием абитуриентов на договорной основе.  Университет совместно с Запсибкомбанком стал учредителем бизнес-школы. В трудные 90-е гг. вуз смог не только сохраниться, но и самостоятельно выйти на новые перспективные траектории развития.